Diese Kirche wurde im Mittelalter nochmals verändert. Dies wird durch ein gotisches Fenster in der heutigen Taufkapelle sichtbar. Expositus Schraml gibt für den Umbau das Jahr 1322 an, wozu aber keine Belege vorhanden sind. Einen weiteren Hinweis gibt der Pfarrer um 1820: "Die Kirche von Pertolzhofen hatte früher drei Kirchweihen. Ursache davon mag sein, weil dortige dreimal vergrößert und jedesmal eingeweiht worden sein soll. So geht die Sage". Diese drei Kirchweihen wurden bis ins 19. Jahrhundert gefeiert.
Bei diesem ersten Umbau dürften auch die gotischen Fresken entstanden sein. Hinweise hierzu gibt uns auch eine kalvinische Kommission, die die Marienkirche folgendermaßen beschrieb: "In der Kirche befindet sich auf dem Altar das Bild der schönen Maria, mannslang, außerdem bemalte Tafeln. Es sind in der Kirche abgemalt Christopher mit der Taschn, die 12 Apostel und andere Heilige".
Aufgrund dieser Angaben ist von einem gotischen Flügelaltar auszugehen. In der Mitte stand die Muttergottes vom heutigen Hochaltar. Dies Muttergottes ist gotisch und wurde erst später "barockisiert". Die Kirche selbst war mit Fresken reich verziert. Die Fresken in der heutigen Taufkapelle, Jahrhunderte unter bis zu 6 Kalkschichten verborgen, konnten vor Jahren freigelegt werden. Sie zeugen von der langen Geschichte unserer Kirche. Eine weitere Rarität stellt der gotische Taufstein dar. Der Stein ist rund 800 Jahr alt und zählt zu den ältesten der Oberpfalz.